台灣依自然保育相關法規所劃設的保護區，可分為自然保留區(目前19處)、野生動物保護區(16處)和國家公園(6處)三類；數量眾多，且總面積達到40萬公頃，佔台灣的11％。

然而除了國家公園外，或因位處雲霧縹渺的山林及無人居住的小島，或因缺乏積極的經營與管理，導致一般民眾對保護區普遍陌生，不免辜負了這些珍貴的地理與生態資源。

本書先介紹全球自然保護區的起源及發展，再逐一介紹台灣41個保護區──從它們的設立緣起、特色、主要的保護物種或地景，到目前面臨的處境等，都有深入的探討；期盼讀者對這廣大而神祕的國土資源，能從了解進而親近、關懷，甚至積極保護。

在設計上，本書大量運用了航空照片及衛星影像繪製的3D地圖，具有他種地圖所無法傳達的真實感，是國內相關書籍的創舉；生態畫家徐偉斌的圖鑑插畫，亦多有精彩之處。

《台灣的自然保護區》包括〈自然保護區概論〉、〈國家公園導覽〉、〈自然保留區導覽〉、〈野生動物保護區導覽〉、〈自然保護區的發展趨勢和願景〉共五章。